ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา พ.ศ. 2549 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 6 มาตรา 10 วรรคสาม วรรคสี่ วรรคห้า และมาตรา 11 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ออกประกาศไว้ ณ วันที่ 23 มิถุนายน 2549 ไว้ดังนี้
ให้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ดังนี้
1.1 กองกลาง
1.2 กองนโยบายและแผน
1.3 กองบริการการศึกษา
1.4 กองพัฒนานักศึกษา
ตามประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา เรื่อง การจัดโครงสร้างการบริหารงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ลงวันที่ 20 ตุลาคม 2549 โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 11 วรรค 3 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 ด้วยความเห็นชอบของสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ 5/2549 วันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2549 ได้มีประกาศให้แบ่งส่วนราชการระดับกองหรือเทียบเท่าเป็นงานในหน่วยงานระดับกอง ซึ่งกองกลางประกอบด้วยงาน 5 งาน ดังนี้
1. งานธุรการและสารบรรณ
2. งานการเจ้าหน้าที่
3. งานการคลัง
4. งานพัสดุ
5. งานอาคารสถานที่